1.东京-草津，最优选择是不是去上野站坐草津号？
有很多种方法，最优要看个人一般 草津号 之外还有直达巴士也不错。（日本人自驾的也很多）

2.如果是，草津号：
1）每天几班？大概是哪个时间点？
楼上回答的已经很详细了。
一般上午2班从上野发车。10点和12点12分。
这个网站可参考，虽是日文但汉字和时间可以看得很清楚。
http://kusatsugo.web.fc2.com/jikokuhyou.html
上野駅
↓　ＪＲ特急草津（2个半小时）／5,130日元
長野原草津口站
↓　ＪＲ巴士关东（约25分）／670日元
草津温泉巴士车站

2）多少钱一位？有特惠吗？
一共是5800日元单程。没有。

3）可以用JRpass吗？
可以，但是你的行程以东京一地为中心不推荐买JRpass。很不值。

3.如果不是，请列出其他可行方法。
对于游客比较推荐巴士。直接到还便宜。
巴士　4小时15分／3,200日元 单程
新宿南口
↓　　上州名湯ゆめぐり号
草津温泉巴士车站。
每天8；05 9；05 10；05，12；05.。。。。车次也较多。
具体时间表同样下面网站可参考，虽是日文但汉字和时间可以看得很清楚
http://time.jrbuskanto.co.jp/bk03010.html

4.像我这种情况买JR PASS合适吗？
不合适。

5.如果箱根和草津选一个的话，去过的前辈推荐哪一个呢？
要分人。
箱根除了温泉可以座缆车，船，爬山。还有各种美术馆和博物馆。
草津是有名的温泉乡。单纯想体验日本温泉文化的话草津更地道一些。